Construida por los españoles al establecerse la ciudad de Chachapoyas en su ubicación actual, aproximadamente en 1546, se la denominó Iglesia Matriz San Juan Bautista. En 1843 es elevada a Catedral y en 1925, el Papa Benedicto XV le otorga el título de Basílica agregándola a la Basílica Vaticana de San Pedro.
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